Co prawda ukończył tylko szkołę podstawową i kurs na Uniwersytecie Ludowym koło Gniezna, ale należy go jednak zaliczyć w poczet genialnych samouków.
Brał udział w Powstaniu Wielkopolskim w latach 1918-1919, a potem w wojnie z bolszewikami w 1920 r.
Po demobilizacji pracował w gospodarstwie rolnym swoich rodziców w Strzyżewie koło Krotoszyna.

Działalność społeczną rozpoczął w 1922 r. od wstąpienia do Polskiego Stronnictwa Ludowego "Piast" w Dobrzycy.
W 1927 roku był współzałożycielem Wielkopolskiego Związku Młodzieży Wiejskiej, a w latach 1928-1930 jego wiceprzewodniczącym.

Od 1930 roku prowadził dwudziestohektarowe gospodarstwo w Międzylesiu koło Wągrowca i nadal działał w organizacjach wiejskich. W wyborach w 1930 roku uzyskał mandat poselski, w związku, z czym powierzono mu funkcję sekretarza Klubu Parlamentarnego PSL "Piast" i powołano najpierw na członka Rady Naczelnej "Piasta" a potem w latach 1933-1939 na sekretarza Naczelnego Komitetu Wykonawczego Polskiego Stronnictwa Ludowego.
Podczas strajku chłopskiego w 1937 r., pełnił obowiązki prezesa Naczelnego Komitetu Wykonawczego PSL. Był także prezesem Wielkopolskiego Towarzystwa Kółek Rolniczych i współorganizatorem Towarzystwa Elektryfikacji Wsi.

Podczas Wojny Obronnej 1939 r., brał udział w walkach jako kapral piechoty. Pod koniec walk przedostał się przez Węgry do Francji, gdzie wkrótce Prezydent Rzeczpospolitej powołał go na wiceprzewodniczącego, a potem przewodniczącego Rady Narodowej.
W Paryżu doprowadził do powstania polskiego parlamentu na wychodźstwie i został jego przewodniczącym.
W czerwcu 1940 r., zorganizował przedostanie się polskich parlamentarzystów z Francji do Wielkiej Brytanii, gdzie objął funkcję wicepremiera i tekę ministra spraw wewnętrznych w gabinecie gen. Sikorskiego.

Po śmierci Naczelnego Wodza, Mikołajczyk przejął funkcję premiera, którą pełnił do 24 listopada 1944 r.

Kiedy w Polsce powstał Tymczasowy Rząd Jedności Narodowej, wszedł w jego skład jako drugi wicepremier i minister do spraw rolnictwa i reform rolnych.
Szukając porozumienia z utworzonym pod wpływem ZSRR 22 lipca 1944 r. w Lublinie Polskim Komitetem Wyzwolenia Narodowego, udał się do Moskwy właśnie w dniach, gdy w Warszawie zaczynało się powstanie.
Stalin wprawdzie przyjął go w Moskwie, ale czekając na wieści z Warszawy, poradził obłudnie Mikołajczykowi, by ten sprawy polskie uzgadniał z komunistycznym PKWN.
Propozycja Lublina by w Rządzie Tymczasowym na 18 resortów tylko 4 przypadły do obsadzenia przez Mikołajczyka, nie mogła zyskać aprobaty.
Nie widząc wyjścia z politycznego impasu, podał się, więc 24 listopada 1944 r. do dymisji.
Do chwilowej ugody między przedstawicielami rządu londyńskiego i lubelskiego doszło dopiero 26 czerwca 1945 r.

Po wojnie Mikołajczyk próbował także kontynuować dawną działalność w PSL. Od sierpnia 1945 roku był jego wiceprezesem, a od stycznia 1946 - prezesem.
Mimo iż pierwsze wybory w Polsce z 19 stycznia 1947 roku zostały sfałszowane w każdej fazie, a w dziewięciu okręgach spośród 52 unieważniono listy PSL, Mikołajczyk został posłem do Krajowej Rady Narodowej i Sejmu Ustawodawczego.

Nie mogąc się pogodzić z jawnym wyborczym oszustwem, 23 czerwca decyduje się wystąpić na forum sejmowym w sprawie fałszowania wyborów i terroru stosowanego wobec PSL. Jego przemówienie nie znalazło oddźwięku, natomiast spowodowało znaczne nasilenie represji wobec działaczy PSL.
W tej atmosferze, po procesie działaczy Win w PSL w Krakowie, w obawie przed aresztowaniem potajemnie opuścił Polskę dzięki pomocy ambasady amerykańskiej.

Do Londynu dotarł 3 listopada 1947 roku, a stamtąd udał się do USA.