W grudniu 1939 roku dotychczasowy przywódca HJ Baldur von Schirach, otrzymał zgodę Hitlera na udział w walce. W szeregach pułku "Grossdeutschland" wziął on udział w wojnie z Francją.
W tym samym 1939 r., liczebność organizacji sięgnęła 7 728 259 członków).
3 lutego 1940 r., Artur Axmann wraz z dowództwem Hitlerjugend opublikował zasady na czas wojny dla HJ, tzw. Plan Wojenny:

1) Cotygodniowe szkolenia ideologiczne dla HJ i BDM.

2) Działalność kulturalna: członkowie HJ i BDM będą mieć występy w zakładach pracy, szpitalach, na zebraniach ludności - jednym słowem dbać o podnoszenie morale.

3) Cała młodzież (z wyjątkiem 16 - 18 letnich członków HJ i BDM), dodatkowe dwugodzinne ćwiczenia fizyczne.

4) Chłopcy w wieku 16 - 18 lat, należą do obowiązkowego przysposobienia wojskowego (do 12 miesięcy), oraz treningi wojskowe i strzelanie przynajmniej dwa razy w miesiącu.

5) Obowiązkowy udział w ćwiczeniach z musztry i apelach.

6) Szkolenie dodatkowych przywódców HJ, ponieważ dorośli członkowie HJ mogą być powoływani do wojska.

7) Ustalenie obowiązkowych niedzielnych spotkań: 1 i 3 niedziela każdego miesiąca, ma być poświęcona na działalność w HJ, a 2 i 4 niedziela ma być poświęcona na spotkania rodzinne. Od tego planu nie ma być wyjątków.

8) Wakacje: obozy i wędrówki mają być kontynuowane, lecz liczba uczestników nie może przekraczać 100 uczestników w pojedynczych obozach. Oddziały w wielkich miastach będą kierowane na czas żniw do pomocy rolnikom.

9) Dodatkowe działania: członkowie HJ i BDM nadal będą brać udział w zbiórkach dla potrzebujących, będą brać udział w pracy społecznej, (członkowie HJ na przysposobieniu wojskowym są z tego zwolnieni). Trening w obronie przeciwlotniczej staje się obowiązkowy dla wszystkich chłopców, natomiast dziewczęta z BDM (16-17 lat), mają obowiązkowe ćwiczenia w udzielaniu pierwszej pomocy.

7 sierpnia 1940 roku Baldur von Schirach został powołany na stanowisko Gauleitera i namiestnika Rzeszy w Wiedniu.c Jego następcą został dwudziestodziewięcioletni Arthur Axmann, jego były współpracownik i człowiek zupełnie innego pokroju. Bezwzględny i dobry organizator, potrafił jednocześnie zdobyć szacunek podwładnych.

Na zajętych przez Niemcy podbitych terytoriach, rozpoczęto proces szkolenia miejscowej młodzieży niemieckiej oraz przyznającą się do narodowości niemieckiej. 9 marca 1940 roku, wchodzą w życie dodatkowe przepisy porządkowe wydane przez policję, a dotyczące niemieckiej młodzieży, oczywiście w "trosce" aby nie zaszła na złą drogę.

- zakaz picia alkoholu,
- zakaz palenia tytoniu w miejscach publicznych,
- zakaz przebywania poza domem po godzinie 21.00, itd.

4 października 1940 roku w/w zakazy wchodzą do kodeksu karnego i są obowiązujące.

W 1941 roku, rozpoczynają się problemy z dalszą rekrutacją i zwiększeniem stanu osobowego. Starsi członkowie HJ są powoływani do wojska, gdzie doświadczają żołnierskiego losu. Narastające bombardowania niemieckich miast prze alianckie lotnictwo przysparza dalszych strat w szeregach HJ i BDM.
Od 24 września 1941 roku, przynależność do HJ, staje się obowiązkowa dla wszystkich dziewcząt i chłopców od 10 roku życia.

Grupa dziewcząt z Bund Deutsche Madel, skierowana do pomocy przy żniwach. Źródło Domena publiczna.

Rok 1942 był ostatnim "spokojnym" rokiem w historii Hitler Jugend. Był to rok w którym członkowie organizacji nie brali jeszcze bezpośredniego udziału w wojnie. Odbywały się normalne zawody letnie i zimowe, trwały obozy szkoleniowe i wypoczynkowe.
Jednocześnie wszyscy członkowie HJ i BDM, brali bezpośredni udział w usuwaniu skutków alianckich bombardowań w dużych miastach III Rzeszy. Nic więc dziwnego że wzrastały straty wśród członków HJ i BDM, w wyniku prowadzonej wojny powietrznej.
Od 15 kwietnia 1942 roku do wiosny 1943 roku, liczba zabitych wśród członków HJ i BDM zamknęła się w przedziale od 8 600 do 15 500 (dane różnią się między sobą).
Jednocześnie w okresie żniw, skierowano do pomocy w zbiorach 600 000 chłopców i 1 400 000 dziewcząt z HJ i BDM. Była to niezwykle istotna pomoc, gdyż na wsi zaczynało brakować rąk do pracy, w wyniku coraz większej ilości zmobilizowanych do wojska.

W drugiej połowie 1942 roku, powstały specjalne obozy dla starszych członków HJ. Trwały one około trzech tygodni i w tym czasie młodzież przechodziła ;przeszkolenie wojskowe.
W listopadzie tego roku, było już 120 takich obozów pod kontrolą Wehrmachtu i 42 obozy pod kontrolą SS.
Posyłano do nich całe szkolne klasy, jeżeli ilość członków w nich przekraczała 17 osób i tworzono z nich oddzielne oddziały. 26 stycznia 1943 roku wprowadzono przepisy, umożliwiające traktowanie członków HJ jako podległych służbie wojskowej, oraz ich traktowanie przed prawem jako żołnierzy.

Młodzi członkowie Hitler Jugend podczas obowiązkowego szkolenia wojskowego. Źródło: Domena publiczna.

Od lata 1943 roku wprowadzono nakaz przynależności starszych członków HJ, do obowiązkowej służby przeciwlotniczej. Służba ta polegała na działalności w obronie przeciwlotniczej jak i obsłudze dział przeciwlotniczych w jednostkach Kriegsmarine i Luftwaffe.
Tego roku dowództwo HJ starało się jeszcze, mimo toczącej się wojny i coraz większych bombardowań terytorium Niemiec, organizować nadal zawody sportowe, obozy wędrowne, itd.
Równocześnie jednak coraz większa liczba młodzieży musiała przechodzić przymusowe przeszkolenie wojskowe. Miało to na celu przygotowanie ich do przyszłej służby wojskowej.

Już w połowie 1943 roku Himmler i przywódca Hitlerjugend, Reichsjugendführer Artur Axmann, uzyskali zgodę na utworzenie dywizji SS z 17-letnich członków Hitlerjugend (podczas gdy w tym czasie poborem do wojska objęte były roczniki 1923 i starsze). W ten sposób powstała przyszła 12. DPanc SS "Hitlerjugend", (znana z późniejszych walk w Normandii i nie tylko).

Rok 1944 praktycznie niweluje pokojową działalność wszystkich struktur Hitler-Jugend. Dziewczęta z BDM pełniły głównie służbę medyczną i pomocową poszkodowanym w wyniku coraz częstszych bombardowań Niemiec. Dodatkowo angażowane są w ośrodkach dla uchodźców, organizacji zajęć szkoleniowych, a także biorą udział w zbiórkach dla poszkodowanych i ewakuowanych.
Chłopcy, oprócz służby w jednostkach przeciwlotniczych, coraz częściej są zatrudniani przy przygotowywaniu nowych linii obronnych. Budują okopy i rowy przeciwczołgowe.
Coraz częściej biorą udział w walce, zwłaszcza na froncie wschodnim, a pod koniec roku i na froncie zachodnim. Słabe uzbrojenie i przeszkolenie powoduje duże straty wśród ich szeregów a sam entuzjazm już nie wystarcza. Zaczyna być widoczny spadek ich morale.

Zbombardowane miasta, duże straty wśród ludności cywilnej a przede wszystkim klęski na frontach i zbliżanie się działań wojennych do serca Niemiec oraz oraz większe braki wśród wyszkolonej kadry dowódczej, (powołanej na front), powodują częściowe rozprężenie wśród niektórych oddziałów HJ.
Po pięciu latach wojny wielu z nich straciło ojców, zabitych, rannych lub zaginionych. Ich matki często musiały pracować z dala od domu, wnosząc swój wkład w wysiłek wojenny III Rzeszy. Ich starsi koledzy i nauczyciele zostali już powołani do służby wojskowej.
Wielu z nich, służąc w oddziałach pomocniczych Luftwaffe w miastach, widziało na własne oczy skutki bombardowań alianckich i zniszczenia jakie one powodowały.
W tym czasie miały już miejsce przypadki grabieży i kradzieży w zbombardowanych miastach. Niemniej, były to odosobnione przypadki, gdyż większość członków HJ zmuszonych do walki, walczyło z wyjątkowym fanatyzmem, nie bacząc na własne straty.

Początek 1945 roku, przyniósł kolejne klęski na frontach. Wojna wkraczała na teren Niemiec. Młodzież z HJ, brała w tym czasie czynny udział w walkach w jednostkach Volkssturmu oraz jako samodzielne oddziały Hitler Jugend.
Jednocześnie kierownictwo polityczne III Rzeszy rozpoczęło tworzenie "ruchu oporu" (tzw. Wehrwolf), w strukturach którego młodzieży niemieckiej wyznaczono ważną rolę.
Pewna liczba komórek HJ i BDM, rzeczywiście przysporzyła pewnych problemów wojskom sowieckim, lecz nie była już w stanie powstrzymać ich marszu na Berlin.
Rozpoczęto też masowe przeszkalanie nawet 11-12 letnich chłopców w obsłudze Panzerfaustów, tworzenie oddziałów "przeciwczołgowych" i rzucanie ich na pierwszą linię frontu w celu powstrzymania wojsk sowieckich.

W marcu 1945 roku, Martin Bormann wysunął propozycję uzbrojenia i przeszkolenia dziewcząt z BDM, w celu wysłania ich na pierwszą linię frontu. Tej propozycji gwałtownie sprzeciwił się Reichsjugendführer Artur Axmann i ostatecznie nie dopuścił do ewentualnej masakry.
Oddziały HJ walczyły głównie na froncie wschodnim, brały udział w walkach jako zwarte jednostki m. in. w Berlinie, Wrocławiu, Gdańsku, Królewcu, itd. W samym Berlinie, oddział liczący około 500 członków HJ, brał udział w obronie mostu Pichelsdorf. Po pięciu dniach walki, 450 z nich, zostało zabitych lub ciężko rannych.

Na jednym z ostatnich filmów, pokazującym Adolfa Hitlera, jest moment jak Führer dekoruje członków HJ, (1945.04.20).
Był to oddział HJ, walczący w okolicach bunkra Führera przy Potsdamer Platz. Najmłodszym udekorowanym był 12 letni Alfred Czech, wyprowadził on spod sowieckiego ognia 12 rannych niemieckich żołnierzy. Hitler udekorował jego i dwóch innych członków HJ, Krzyżem Żelaznym I kl. Reszta pokazanych na filmie członków HJ została odznaczona Krzyżem Żelaznym II kl.

Koniec działań wojennych był zarazem końcem działalności Hitlerjugend. Straty poniesione przez tą organizację podczas wojny nie są dokładnie znane, lecz możemy domyślać się że były znaczne. Zwłaszcza w strefie okupowanej przez wojska sowieckie, gdzie umundurowani członkowie HJ byli traktowani jako jeńcy wojenni i wywożeni na wschód, chociaż niejednokrotnie byli rozstrzeliwani na miejscu.
Młodzież niemiecka poniosła wielkie ofiary w imię narodowego socjalizmu, ale do końca dochowała wierności Adolfowi Hitlerowi i III Rzeszy Niemieckiej.