23 czerwca 1942 roku, Panzerarmee ścigając wycofującego się przeciwnika przekroczyła granicę Libijsko - Egipską. Rommel mimo kłopotów logistycznych i znacznego osłabienia swoich sił w bitwie pod El-Gazelą postanowił wykorzystać zwycięstwo i rozbić pozostałości 8 Armii, zanim ta zdoła przygotować się do skutecznej obrony. Po opanowaniu Mersa Matruch skierował uderzenie na wojska Auchinlecka (który zdymisjonował Ritchiego i sam objął dowództwo) w rejonie El-Alamejn, jednak chaotyczne i krwawe walki (1 lipca) nie przyniosły rozstrzygnięcia.
Był to teren dobrze nadający się do obrony - 50 kilometrowy korytarz poprzecinany pasmami wzniesień, od północy ograniczony morzem, od południa niedostępną depresją El-Kattara, stanowiący równocześnie ostatnią linię brytyjskiej obrony przed znajdującą się o 100 kilometrów na wschód Aleksandrią. Przygotowania do kolejnych szturmów utrudniały brytyjskie kontrataki wsparte silną artylerią i lotnictwem, które już od pewnego czasu niemal całkowicie panowało w powietrzu. Kolejny atak 13 lipca załamał się w dobrze zorganizowanym ogniu brytyjskich dział. Przez kolejne dni niemieckie i włoskie dywizje z trudem powstrzymywały ataki Australijczyków i Nowozelandczyków na środkowym i północnym odcinku frontu, a konkluzja ponad dwutygodniowych walk była jedna - Rommel utracił inicjatywę strategiczną.

Aż do 30 sierpnia obie strony nie podejmowały żadnych działań zaczepnych, skupiając się głównie na uzupełnianiu strat w ludziach i sprzęcie. Panzerarmee wzbogaciła się o niemiecką 164 Dywizję Lekką generała Lungershausena, Brygadę Spadochronową przygotowywaną do desantu na Maltę oraz włoską dywizję pancerną "Littorno" dowodzoną przez generała Bitossiego. Niemieckie dywizje otrzymały także nowe czołgi min. Panzer IV mogące łatwo unicestwić każdą maszyną przeciwnika.

Brytyjczycy mający od 13 sierpnia nowego dowódcę - generała Bernarda Montgomery`ego (głównodowodzącym sił na Bliskim Wschodzie został gen. Alexander), podjęli energiczne działania mające wzmocnić obronę 8 Armii na zajmowanych pozycjach. Pierwszą linię obrony obsadziły cztery dywizje piechoty - 9 Australijska (gen. Morsheada), 1 Południowoafrykańska (gen. Pienaara), 5 Hinduska (gen. Briggsa) i 2 Nowozelandzka (gen. Freyberg) oraz dwie brygady z 7 Dywizji Pancernej (gen. Renton), których zadaniem było strzeżenie pól minowych na południu. Wzgórza Alam el Halfa zajmowała 44 Dywizja Piechoty gen. Hughesa, a na wysuniętej pozycji nieco na zachód znajdowała się 22 Brygada Pancerna brygadiera Robertsa podporządkowana tuż przed bitwą przysłanej z zaplecza 10 Dywizji Pancernej gen. Gatehouse`a.

Według kalkulacji dowódcy Panzerarmee, scenariusz bitwy podobny do tego spod El-Gazeli mógł przynieść zwycięstwo jego wojskom. Włoskie dywizje piechoty wraz z oddziałami spadochronowymi i 164 Dywizją Lekką miały wiązać przeciwnika na północy, a Afrika Korps wraz z włoskim XX Korpusem generała De Stefanisa ("Trieste", "Ariete", "Littorio") silnym uderzeniem i wejściem na tyły Montgomery`ego winny rozstrzygnąć wynik batalii. Tak optymistyczne założenia przekreśliła konfrontacja z rzeczywistością. Już na początku niemiecko-włoskie natarcie zostało opóźnione przez gęste pola minowe, a dalszy marsz spowalniały brytyjskie bombowce i kłopoty logistyczne.
DAK ponosząc ciężkie straty skierowała swoje uderzenie na Alam el-Halfa, jednak twarda obrona i złe położenie ogólne zmusiło Rommla do zawieszenia akcji i zarządzenia odwrotu. Znaczną rolę w zwycięstwie Brytyjczyków miał inny niż dotychczas sposób prowadzenia walki. Montgomery nie pozwolił by jego czołgi wdały się w bezpośrednią walkę z niemieckimi dywizjami pancernymi, poczekał aż dostatecznie osłabiony przeciwnik sam wejdzie w zastawione na niego sidła. Zbytnia ostrożność w zarządzonym kontrataku mającym zwiększyć straty Niemców nie pozwoliła jednak na osiągnięcie pełnego zwycięstwa - m.in. Nowozelandczycy mający odciąć wycofującą się Panzerarmee nie dostali odpowiedniego wsparcia i ponieśli cieżkie straty.

Po klęsce pod Alam el-Halfa żołnierze "Osi" przyjęli pozycję defensywną, co kończyło okres zmagań zwany pierwszą bitwą o El-Alamejn. Niemieccy i włoscy saperze zainstalowali około pół miliona min, które wraz z przygtowywanymi pozycjami obronnymi miały powstrzymać spodziewaną ofensywę 8 Armii. 23września Rommel udał się na urlop zdrowotny do Rzeszy, dowództwo przekazując generałowi Stummemu, który w razie ataku Montgomery`ego mógł być pewny powrotu feldmarszałka[21 czerwca 1942 r. Rommel po zdobyciu Tobruku zostaje awansowany do stopnia marszałka polnego] do swoich Afrykańczyków.

O godzinie 20.40, 23 października 1942 roku na pozycje niemiecko-włoskie spadł grad pocisków artyleryjskich mających "zmiękczyć" ich obronę i ułatwić brytyjskim saperom torowanie drogi czołgom i piechocie. Za dochodzącym do 10 kilometrów szerokości pasem pól minowych czekało na żołnierzy Montgomery`ego 12 dywizji nieprzyjaciela, gotowych twardo bronić każdej piędzi egipskiej ziemi.
W pierwszej linii kolejno od północy znajdowały się: niemiecka 164 Dywizja Lekka(gen. Lungershansena), włoskie dywizje piechoty - "Trendo" (gen. Mosiny), "Bologna" (gen. Glorii) i "Brescia" (gen. Brunettiniego) wzmocnione 288 Brygadą Spadochronową Ramckego oraz "Folgore" (gen. Frattiniego) i "Pavia" (gen. Scattagii).
W odwodzie w północnym sektorze Panzerarmee znajdowały się niemieckie - 15 Dywizja Pancerna (gen. Vaersta), 90 Dywizja Lekka(gen. Sponecka) oraz włoskie - zmotoryzowana "Trieste"(gen. La Feri) i pancerna "Littorio"(gen. Bitossiego).
Na południu stacjonowały 21 Dywizja Pancerna (gen. von Randowa - gen. Bismarck stracił życie podczas pierwszej bitwy o El-Alamejn) i włoska dywizja pancerna "Ariete" (gen. Areny).
Wojska Stummego dysponowały pięciuset czołgami, lecz w tym tylko 200 maszyn niemieckich - włoskie wojska pancerne składały się głównie z przestarzałych tankietek, które w żadnym razie nie mogły sprostać wozom brytyjskim czy amerykańskim.

Głównodowodzący wojskami Zjednoczonego Królestwa na Bliskim Wschodzie generał Alexander nie musiał obawiać się o zaplecze logistyczne, a mając do dyspozycji ponad 1000 czołgów i silne wsparcie RAFu mógł pozwolić dowódcy 8 Armii na wyczerpującą batalię, której na dłuższą metę Rommel wygrać nie mógł.
164 Dywizja Lekka i włoska "Trendo" przyjęły na siebie potężne uderzenie 30 Korpusu Armijnego, a śmierć Stummego (zmarł na atak serca podczas ataku RAFu - jego miejsce zajął tymczasowo gen. von Thoma) pogłębiła jedynie zamieszanie w szeregach niemiecko-włoskich.
Po kilku dniach niezwykle zaciętych bojów Brytyjczycy zdołali opanować wzgórza Mitejrija oraz "Kidney" - wzgórze 28 popularnie nazywane "Nerką". Wieczorem 25 października do sztabu Panzerarmee przybył Rommel, podejmując energiczne próby zatkania wyłomu w okolicach Mitejrija, skierował do walki stacjonujące w pobliżu dywizje pancerne i nakazał 90 Dywizji generała Sponecka i 21 generała Randowa jak najszybsze przybycie w zagrożony rejon.

Tymczasem Montgomery widząc, że obrona nieprzyjaciela okrzepła, postanowił przejść w tym miejscu do obrony, by główne siły 30 Korpusu wraz z 10 Korpusem pancernym rzucić 28 października na północ. Głównym wykonawcą tego planu została 9 Dywizja Australijska generała Morsheada, która po przełamaniu obrony przeciwnika winna wraz z innymi jednostkami 8 Armii przedrzeć się przez powstały we froncie wyłom i kierując się wzdłuż wybrzeża wejść na tyły Panzerarmee.
Kilkudniowe krwawe walki nie przyniosły rozstrzygnięcia, więc dowódca 8 Armii przystąpił 2 listopada do operacji "Supercharge"atakując wzmocnioną Dywizją Nowozelandzką ze wzgórza 28 w centralny odcinek frontu, Freybergowi rozkazał jednak ponawiać szturmy wzdłuż wybrzeża, licząc na ostateczne przełamanie mocno nadwyrężonej obrony nieprzyjaciela. Mimo, że DAK po krwawych walkach liczył jedynie 35 sprawnych czołgów, to udany kontratak powstrzymał Nowozelandczyków... na kilka godzin.

Dalsze szturmy wojsk Montgomery`ego wraz ze skoncentrowanym ogniem artylerii i nieustannymi atakami z powietrza przyspieszyły podjęcie przez dowódcę ginącej Panzerarmee dramatycznej decyzji - odwrotu na zachód, tak by choć część jego sił zdołała się uratować. Mimo kategorycznego zakazu odwrotu przesłanego przez Hitlera, o godzinie 15.50 4 listopada Rommel pełen wewnętrznych sprzeczności zarządził zajęcie przez podległe mu siły pozycji pod Fuką - około 100 kilometrów na zachód od El-Alamejn.
Nawet mimo późniejszej zgody Fuhrera na odwrót, Rommel musiał się liczyć ze stratą nie mobilnych dywizji włoskich, które jak dotąd wiernie wypełniały postawione im cele, będąc zarazem znaczną częścią sił Panzerarmee. Tragiczna sytuacja w Egipcie nie była jedynym powodem ewakuacji niemiecko-włoskiej armii. Według danych wywiadowczych, ogromna flota inwazyjna Aliantów skupiona w Giblartarze miała niebawem wylądować w Afryce Północnej zajmując francuskie kolonie, stanowiła tym samym śmiertelne zagrożenie dla bezbronnej Trypolandii i groziła odcięciem resztek Armii Pancenej od jej zaplecza.

Bitwa pod El-Alamejn była niewątpliwie punktem zwrotnym wojny w Afryce. Wojska "Osi" dotąd skutecznie radzące sobie z przeciwnikiem poniosły olbrzymie straty - 54 tysiące żołnierzy zabitych lub wziętych do niewoli, setki dział i samolotów oraz niemal wszystkie czołgi uległy zniszczeniu. Błyskawiczny odwrót Rommla z Egiptu umożliwił jednak ocalenie wielu żołnierzy, którzy aż przez ponad pól roku(do 12maja `43) zaciekle walczyli w Tunezji z przeważającymi siłami XVIII Grupy Armii generała Eisenhowera.