Komendanci:

płk Julian Filipowicz "Róg".: styczeń - 8 luty 1940 r.
płk Tadeusz Komorowski "Korczak".: 8 luty 1940 - lipiec 1941 r.

Szef sztabu:

mjr/ppłk Jan Cichocki "Kabat", "Jaś".: luty 1940 - 17/18 kwietnia 1941 r. (aresztowany).

Wydział I (Organizacyjny).

Szef:
ppłk Franciszek Sobolewski "Krzysztof".: ?? - 19 kwietnia 1941 r. (aresztowany).

Wydział II (Wywiad i Kontrwywiad).

Wywiad Ogólny:
(Ekspozytura "A" Oddziału II Sztabu KG ZWZ).

Szef:
kpt. Jan Perenc "Profesor".

I Zastępca (Organizacja terenu):
mjr Jan Kanty Lasota "Jan Kanty", "Kanty", "Przyzba".

II Zastępca (Kierownik sieci agentów i Biura Studiów):
por. Tadeusz Sztumberk Rychter "Żegota".: ?? - lipiec 1940 r.

- dr J. Zakrzewski "Julian".: lipiec 1940 - ??

III Zastępca (Gospodarka pieniężna):

kpt. Z. Polaczek "Dan", "Pol".

Sekretariat i Służba Wewnętrzna.

Kierownik:
- dr Z. Czarnota-Bojarska (?) "Maria".

Kierownictwu Wywiadu Ogólnego Obszaru podlegały pod względem fachowym: kontrwywiad Obszaru, wydział Wywiadu Ogólnego Okręgu Kraków, wydział Wywiadu Ogólnego Okręgu Śląskiego, własna siatka agentów wywiadu na terenie Obszaru Południe, na Słowacji i w Rzeszy.

Kontrwywiad:
(Ekspozytura "A" Oddziału II Sztabu KG ZWZ).

Szef:
GL PPS mgr Zygmunt Kłopotowski "Konar".

I Zastępca:
kpt. T. Polkowski "Florian".

II Zastępca:
kpt. żand. N.N. "Prosty".

III Zastępca:
(Gospodarka pieniężna).
- Jan Strzałkowski "Jawor".

Referat Legalizacji i Prac Fototechnicznych.

Kierownicy:
- S. Drabikowa "Stacha".
- prof. Z. Kamiński.

W skład referatu wchodził konspiracyjny zakład fotograficzny Pelagii Bednarskiej "Marii" przy ul. Lubicz 24 m. 2.

Sekretariat i Służba Wewnętrzna.

Szef:
- Zofia Żurowska "Jadwiga Wysocka".

Kierownik sieci agentów.

- W. Skąpski "Adam".

Pod względem fachowym Kontrwywiadowi Obszaru podlegały wydziały kontrwywiadu w Okręgach Krakowskim i Śląskim oraz w Podokręgu Zagłębie, a także własna siatka agentów działająca zarówno w Krakowie (infiltrująca m. in. gubernatora Hansa Franka i SS-Obergruppenführera Krügera, urzędy niemieckie, biura, domy i lokale), jak i na terenie podległych Obszarowi Okręgów.

Wydział III (Operacyjny).

Szef:
płk Stanisław Turek "Zbaraż".: ?? - 18 kwietnia 1941 r. (aresztowany).

Wydział Łączności.

Szef:
kpt. Leopold Franciszek Piątkiewicz "Bogdan", "Dach, "Echo".: ?? - 1941 r.

Kierownictwo Walki Czynnej.

Kierownik:
ppłk dypl. Kazimierz Pluta-Czachowski "Paprzyca".: styczeń 1940 - lipiec 1941 r.

I Zastępca:
mjr dypl. Paweł Zagórowski "Andrzej", "Góra", "Maciej", "Strzemię".: ?? - ??

II Zastępca (Sprawy Zaolzia, COP i Małopolski).
ppłk Kazimierz Tumidajski "Maciej", "Edward".: wiosna 1940 - marzec 1941 r.

III Zastępca (Sprawy Śląska, Zagłębia i Reichu):
kpt. Ryszard Margosz "Ryszard".

Referat Studiów i Planowania.

Szef:
kpt. dypl. Aleksander Ratuszny "Gniewosz", "Kowalski", "Miech".

Kwatermistrz:

kpt. inż. Stefan Bock "Gajowy", "Kozioł".

Sekretariat.

Szef:
- H. Zawilska "Halina".

Sekcja kurierska:

Szef:
- R. Gitis "Tur".

Kierownictwo Sabotażu, Dywersji i Lotnych Akcji Odwetu.
(Ekspozytura "B" Szefostwa Dywersji KG ZWZ).

Kierownik:
kpt. Władysław Karaś "Pankracy", "Dyrektor".

I Zastępca:
(Organizacja terenu).
- inż. Henryk Buzun "Trzebunia".

II Zastępca:
(Kierownik rejonów dywersyjnych i Biura Studiów).
por. inż. Stolarski "Dąb".

III Zastępca:
(Gospodarka pieniężna i legalizacja).
- dr Aleksander Szyller (Schiller) "Hel", "Socha".

Produkcja materiału bojowego.
Kierownik:
- inż. Staronka (?) "Andrzej".
- inż. Burski (?).

Sekretariat i Służba Wewnętrzna.
Kierownik:
- Z. Słabiakówna "Zosia".
Sekcja łącznikowa i transportu.

Związek Odwetu.

Szef:
mjr Władysław Cyga "Kozak".: ?? - 9 kwietnia 1940 r. (aresztowany).
p.o. ppor. Aleksander Bugajski "Halny".: ?? - 12 maja 1941 r. (aresztowany).

Krakowska Organizacja Akcji Kolejowej.
(Ekspozytura "C" późniejszego Szefostwa ZO KG ZWZ oraz komenda rejonu N-2 akcji kolejowej).

Kierownik:
- inż Józef Jasieński "Poryw".

I Zastępca:
(Organizacja terenu i działań).
- inż. Szandro (?) "Gniew".

II Zastępca:
(Operacje i Biuro Studiów).
- P. Chan "Piotr".

III Zastępca:
- R. Horodziejewski "Roman".

Sekretariat.
Kierownik:
- F. Kralikowski "Michał".

Zakres działania Kierownictwa Akcji Kolejowej: wywiad, kontrwywiad, sabotaż, dywersja techniczna, przerzuty konspiracyjne na liniach kolejowych.
Kierownictwu podlegali kierownicy rejonów akcji kolejowej: krakowskiego, tarnowskiego, nowosądeckiego, rzeszowskiego, przemyskiego, dębickiego, rozwadowskiego, jasielskiego.
Do maja 1940 r., podlegały mu, pod względem fachowym i dyspozycyjnym: Kierownictwo Śląskiej Okręgowej Akcji Kolejowej N-3, Kierownictwo Częstochowskiego Rejonu Akcji Kolejowej N-4 oraz Kierownictwo Lubelskiej Okręgowej Akcji Kolejowej N-5.

Oparcie i tzw. "przykrywkę" w działalności konspiracyjnej dawały tzw. Brennstoffversorgung für nicht deutsche Angesteten. Ich kierownikami byli: w Krakowie - inż. Bitenek, w Radomiu - inż. Tatarowski "Rafał", w Lublinie - inż. Chludziński.
Poprzez te biura utrzymywano łączność z rejonami organizacyjnymi i odcinkami akcji kolejowej, z sąsiednimi dyrekcjami i z Szefostwem Komunikacji KG ZWZ, ukrytym w centrali Brennstoffversongung f.n.d.A, mieszczącej się w Warszawie przy ul. Kruczej 14 i bezpośrednio powiązanym z Szefostwem Dywersji oraz z poszczególnymi Oddziałami Sztabu KG ZWZ.

Kierownictwo granicznych przerzutów kurierskich i pocztowych.

Kierownik:
mjr Jan Kopecki "Skałka", "Gala", "Strzałka".

I Zastępca:
(Organizacja terenu i nadzór nad trasami).
kpt. Józef Prus "Tadeusz".

II Zastępca:
(Sprawy pieniężne i legalizacja).
- J. Mikowa (?) "Kinga".

Sekretariat i Służba Wewnętrzna.

Kierownik:
- Wanda Marokini-Gąsiorowska "Wanda", "Jadwiga".

Zespół łączniczek.

Główna składnica dla Komendy Obszaru Południe.

Kierownik centralnego ośrodka łączności wewnętrznej:

- Wanda Górecka.

Lokal konspiracyjny przy ul. Karmelickiej 16.

Kierownik przerzutu na Węgry:
- inż. Jurczak "Dąbrówka".

Punkty kontaktowe: Zakład Instalacji Kanalizacyjnych - ul. Franciszkańska 4, lokal przy ul. Lubicz 27, zakład dentystyczny przy ul. Starowiślnej 18.

Pododcinek Nowy Targ/Trasa "Turbacz".

Kierownicy:
por. Z. Dunin-Borkowski "Zygmunt".
- Maksymilian Kaucki "Antoni".

Pododcinek Nowy Sącz/Trasy "Lubań" i "Poprad".

Kierownicy:
por. K. Gucwa "Góral".
ppor. L. Kwiatkowski "Tomek".
- Jan Freisler "Sądecki" (? według relacji Heleny Latkowskiej-Rudzińskiej).

Pododcinek Sanok/Trasa "San".

Kierownik:
- mgr A. Rybicki.

Pododcinek Szczakowa.

Kierownik:
por. rez. W. Soiński "Jodła".

Pododcinek Cieszyn.

Kierownik:
por. rez. T. Krok "Gruda".
Siedziba w Wadowicach.

Pododcinek Przemyśl.
(Kierunek na Lwów).

Kierownik:
kpt. mar. Kaputa (?) "Cis". Zastępca:
- N.N. "San".

Kierownik przerzutu na Śląsk:

- Walter Bartoniak.
- E. Makowski "Erwin".

Punkty kontaktowe: Fabryka Harlosa w Dębniku, zakład fotograficzny Opiłki przy ul. Lubicz 23, perfumeria Łukowicza przy ul. Karmelickiej 60, Firma "K. Borkowski" przy ul Krzyża 1.

Kierownik przerzutu na Lwów:

por. rez. T. Dobrowolski "Gabriela".

Punkty kontaktowe: hurtownia galanterii przy ul. Krakowskiej 5, firma L. Jasińskiego w Rynku Św. Jana, sklep z dewocjanaliami Agrewajtisa przy ul. Św. Tomasza 12 (?).

Kierownik przerzutu na Warszawę:

- N.N. "Halina".

Punkty kontaktowe: lokal przy ul. Lubelskiej 20, sklep W. Skąpskiego w Pasażu Bielaka.

Punkt przerzutów specjalnych w Biurze "Wagons Lits Cook".

Kierownik:
- Maria Brandysówna "Marysia".

Lokal biura przy ul. Sławkowskiej 12.

Na każdym z odcinków przerzutowych uruchomiono terenowe punkty wyczekiwania na kurierów. Latem 1940 r., utworzono punkty wypoczynkowe dla kurierów w schroniskach turystycznych na Turbaczu i Lubaniu, we dworach: w Rabie, Wyżnej i Nawojowej, w klasztorach: w Zebrzydowicach, Komańczy i w klasztorze Michaelitów koło Rymanowa.

Samodzielna organizacja informacji, propagandy i walki cywilnej/Biuro Informacji i Propagandy.

Szef:
mjr rez. Kazimierz Kierzkowski "Prezes", "Kazimierz I".: styczeń 1940 - lipiec 1941 r. (aresztowany).

I Zastępca:
kpt. Ludwik Oskierko "Ludwik" (przysłany z Warszawy).

II Zastępca:
- Władysław Kabaciński "Kalina", "Kordian".

III Zastępca:
- Józef Wójtowicz "Orawa".

Sekretariat i Służba Wewnętrzna.

Kierownicy:
- Władysława Kierzkowska "Włada" (żona Kazimierza Kierzkowskiego).
- Marek Kierzkowski "Marek" (syn Kazimierza Kierzkowskiego).

Organizacja kolportażu.

Kierownik:
- Janina Oszastówna "Janka".

Dział Informacji Społeczno-Politycznej.

Kierownik:
- Józef Wójtowicz "Orawa".

Dział Propagandy.

Kierownik:
- Władysław Kabaciński "Kalina", "Kordian".

Samodzielny Dział Narodowościowy.

Kierownik:
- dr Stanisław Długocki "Stanisław", "Ksiądz", "Romin".

Dział Pomocy Społecznej.

Kierownik:
- Zygmunt Stamajzen "Wiktor", "Gąsiorowski".

Redakcja "Nakazów Dnia".

Kierownicy:
- Ludwik Muzyczka "Benedykt".
- Adam Uziębło "Piotr".

Biuro Informacji Propagandy było ściśle powiązane z Kierownictwem Akcji Czynnej Obszaru i koordynowane przez ppłk Plutę-Czachowskiego "Paprzycę".
Pismem BiP-u Obszaru zostały 1 marca 1940 r., "Nakazy Dnia" - wydawane od 1 listopada 1939 r., przez Organizację Orła Białego. Pismo to początkowo wydawano na powielaczu w nakładzie 600, w listopadzie w 1 000, a z końcem grudnia już w 3 000 egzemplarzy tygodniowo.
Twórcami oraz członkami redakcji pisma byli: Ludwik Muzyczka "Benedykt", Władysław Kabaciński "Kalina", Janina Oszastówna "Janka" (jednocześnie kierowniczka kolportażu) oraz Irena Augustyniak "Oleńka".

Skarbnik Obszaru:

mjr Leon Giedgowd "Leon".: ?? - 19/20 kwietnia 1941 r. (aresztowany).

Szef Sanitarny:
- dr Adam Szebesta.: ?? - 25 maja 1941 r. (aresztowany).

W kwietniu 1941 r., doszło w Krakowie do bardzo poważnej "wsypy", która zaczęła się w pionie kolejarskim Związku Odwetu Obszaru i rozprzestrzeniając się bardzo szybko objęła inne wydziały Komendy Obszaru, a także Komendę Okręgu i Komendę Miasta. Aresztowaniami, które ciągnęły się do jesieni, objęto niemal 300 osób.

W ręce Niemców wpadli m. in.:

- 9 kwietnia kierownik dywersji kolejowej inż. Józef Jasiński „Poryw" i szef ZO Obszaru mjr. Władysław Cyga „Kozak".
- w nocy z 17 na 18 kwietnia Szef Sztabu Komendy Obszaru: mjr Jan Cichocki "Jaś",
- 18 kwietnia szef Wydziału III Komendy Obszaru płk. Stanisław Turek „Zbaraż", a także łączniczka Wanda Żak „Wanda" i kurierka do Warszawy Maria Mayerówna „Maria".
- 19 kwietnia szef Wydziału I Komendy Obszaru: płk Franciszek Sobolewski "Krzysztof".
- nocą z 20 na 21 kwietnia skarbnik Obszaru: mjr Leon Giedgowd "Leon",
- 12 maja pełniący obowiązki szefa Związku Odwetu Obszaru: Aleksander Bugajski "Halny".
- 25 maja Szef Sanitarny Komendy Obszaru: dr Adam Szebesta,
- 16 czerwca Szef Wydziału Propagandy Komendy Okręgu Kraków,
- 20 czerwca (według innych źródeł 17 lipca) kierownik BIP-u Obszaru: mjr Kazimierz Kierzkowski "Prezes".

Dodatkowo zdekonspirowani zostali płk Komorowski, płk Filipowicz i Szef Sztabu Okręgu njr Władysław Galica "Kozica". W takiej sytuacji, w obliczu możliwości rozbicia całej Komendy Obszaru i wobec aresztowania dużej części jej członków, podjęto decyzję o likwidacji Obszaru jako jednostki organizacyjnej ZWZ.
Okręgi Śląsk i Kraków otrzymały status samodzielności, podlegając od tego czasu bezpośrednio Komendzie Głównej ZWZ.