W lipcu 1944 r., w NSZ-ZJ powstała koncepcja podziału okupowanego terytorium Polski na NSZ-Zachód (tereny okupacji niemieckiej) i NSZ-Wschód (tereny okupacji sowieckiej).
Formalnie oba Obszary powołał do życia ówczesny Komendant Główny NSZ-ZJ gen. Tadeusz Jastrzębski "Powała". W skład Inspektoratu Zachód weszły Okręgi: V Kielce, VII Kraków i VIII Częstochowa, natomiast w skład Inspektoratu Wschód Okręgi: III Lublin, XII Podlasie, XIII Białystok.
Inspektorem Obszaru-Wschód został płk dypl. Wacław Świeciński "Tuwar", który został wysłany do Lublina, gdzie próbował sformować Komendę Ziem Wschodnich NSZ-ONR.
Okręg Lublin uznał jednak zwierzchność płk Albina Raka "Lesińskiego", czyli stanął po stronie scalenia z Armią Krajową. W Okręgu tym istniała już Komenda Ziem Wschodnich NSZ-AK, którą mylnie określa się jako podległą wpływom ONR.
Finalnie płk "Tuwar" nie zdołał utworzyć Obszaru Wschód NSZ-ZJ. Pod koniec 1944 r., został on aresztowany przez Urząd Bezpieczeństwa.

Inspektorem Obszaru-Zachód mianowano płk/gen. bryg. Zygmunta Broniewskiego "Boguckiego", dotychczasowego komendanta Okręgu III (Lublin). Powierzone mu stanowisko objął on 26 sierpnia 1944 r., ale pierwszy rozkaz organizacyjny wydał dopiero 5 września.
Formalnie podlegały mu Komendy Okręgów i oddziały NSZ działające na zachód od linii frontu wschodniego. "Bogucki" posiadał szerokie pełnomocnictwa, miał bowiem prawo do decydowania w zastępstwie Rady Politycznej i Komendanta Głównego NSZ-ZJ.

Faktycznie zasięg oddziaływania "Boguckiego" ograniczył się do Okręgów: V Kielce, VI Warszawa-Powiaty, VII Kraków, VIII Częstochowa i Grupy Operacyjnej Zachód (późniejszej Brygady Świętokrzyskiej).
Jego sytuację komplikował dodatkowo fakt, że oprócz Okręgu VII krakowskiego, we wszystkich pozostałych okręgach istniały komendy NSZ-AK, znacznie silniejsze od tych, które uznawały zwierzchność NSZ-ZJ.
Pozostałe Okręgi: II Mazowsze Północ, IX Łódź, X Poznań i XI Pomorze pozostały poza zasięgiem wpływów NSZ-ZJ, co jest najlepszym dowodem na lojalne wykonywanie umowy scaleniowej na ich terenach.

Struktura terenowa NSZ-ONR została zreorganizowana 1 kwietnia 1945 r., czyli już pod okupacją sowiecką. Całość podległych NSZ-ONR struktur podzielono na trzy Obszary (Inspektoraty): Zachód, Wschód i Południe, natomiast wszystkie Okręgi otrzymały nową numerację.
Jak wynika z rozkazów wydawanych przez Komendę NSZ-ZJ, organizacja ta miała charakter wybitnie kadrowy i starała się ograniczać akcje wojskowe przeciwko komunistom do niezbędnego minimum.
Ograniczenia te wynikały przede wszystkim z przechodzenia poszczególnych części NSZ do tworzonego w tym czasie (od lutego 1945 r.) Narodowego Zjednoczenia Wojskowego (NZW), które organizowano także w oparciu o siły NOW-AK, NSZ-AK i części podziemia poakowskiego.

W okresie od lipca do listopada 1945 r., okręgi NSZ-ONR zostały rozbite aresztowaniami Urzędu Bezpieczeństwa, natomiast dowództwo uległo dezorganizacji. W sierpniu tego roku kraj opuścił gen. bryg. Zygmunt Broniewski "Bogucki".
Na czele resztek rozbitych struktur stanął ppłk Stanisław Kasznica "Przepona", jako szef tzw. Rady Inspektorów (komendantów Obszarów). W tym czasie sprawnie działał jedynie wywiad, natomiast oddziały partyzanckie, w dużej mierze zostały włączone do wspomnianego NZW lub działały już zupełnie samodzielnie.

Największe wątpliwości i kontrowersje w dotychczasowej historiografii NSZ budzą szacunki liczebności rozłamowej jej części. Brakuje prawie zupełnie dokumentów organizacyjnych z zestawieniami liczebnymi.
Dodatkowo historycy zajmujący się tą problematyką z reguły błędnie utożsamiają NSZ-ONR z całością organizacji, według niektórych szacunków liczącej w momencie rozłamu 70 do nawet 90 tysięcy żołnierzy.
Pewne światło na zagadnienie liczebności NSZ-ZJ rzucają notatki Stanisława Kasznicy "Wąsowskiego" z rozmowy z Delegatem Rządu RP na Kraj Janem Stanisławem Jankowskim "Janem", "Sobólem":

1. Opisałem KG - przyczem orientował się on w personaliach Boguckiego i Suwalskiego (...) całością nie był zbudowany.
2. Za Wisłą mamy rozproszone oddziały i szereg ludzi pozostawionych tam i zaskoczonych. Montujemy dowodzenie. (...)
3. Grupa 1 800 ludzi, 80 oficerów i około 200 podchorążych. Dowodzi "Bohun". (Ppłk Antoni Szacki).
Grupa Operacyjna Zachód, czyli Brygada Świętokrzyska, w dniu 6 grudnia 1944 r., liczyła 73 oficerów, 92 podchorążych, 164 podoficerów i 493 szeregowych, czyli razem 822 ludzi.
4. VI (Okręg Warszawa - Powiaty) - komendant rezerwista, okręg likwidacyjny, ogromne rozkręcenie tak, że adamowcy (Zwolennicy scalenia z AK. Nazwa stosowana w NSZ-ONR od pseudonimu Wacława Pacholczyka) nawet swojego odebrać nie mogą. Siły 3 000.
5. VII (Okręg Kraków) z niczego 2 000 w ciągu 2 m-cy. Utrata przez front silnego COP. Na południu (Podkarpacie) nic. Przerzuty i osiągnięcia na Cieszyńskim - rejon ewakuacyjny.
7. VIII Śląsk 5 000, Zagłebie 5 000, 4 powiaty GG 300 ale 1-2 miesięcy dużo więcej (...).
W rzeczywistości na Śląsku i w Zagłębiu nie było Komendy Okręgu, a te tereny podlegały Okręgowi VIII Częstochowa.
8. Grupa Północ (z winy "Kmicica" brak D-dcy). Jest kilku wybitnych partyzantów. Bazą II i XIII Okr. (...) Przygotowujemy dla nich Dowódcę.
Grupa Północ nie została zorganizowana, a Okręgi: II Mazowsze Północ i XIII Białystok poparły scalenie z Armią Krajową.

Na terenie GG ogromne usprawnienie i podniesienie morale. Ogółem dysponujemy 20-30 tys. Uzbrojenie, nie licząc oddziałów leśnych na 10 %.
Na Pomorzu duże możliwości (zarzut J (Delegat Rządu), że ich nie wykorzystujemy). Odpowiedź - wysyłamy najlepszego człowieka z zadaniem zorganizowania Pomorza (...).
Nasz plan operacyjny przewiduje odwrót po Odrę i Nissę. A dalej nie potrafimy jeszcze przewidzieć prócz ogólników (przebijanie się, rozpuszczenie ludzi).
Na miejscu stawiamy słabe siły (trudności z doborem D-dców (...)). Gros ludzi zdolnych do noszenia broni ewakuujemy i to zdekonspirowanych przy grupach a innych np. przez Todt`a, uzyskując w tzw. Reichu większe ich skupienia. To jednak dopiero w opracowaniu. (...) Jan pragnie jak najprędzej to ujrzeć, celem uzgodnienia w tej materii obu rozkazodawstw.
Próbował narzucić nam koncepcję przejścia Gr. Op. Zachód na Pomorze , gdzie on najprędzej oczekuje aliantów. Po fachowej dyskusji wykazałem mu niewykonalność operacyjną takiego przedsięwzięcia (...).

Stany liczebne NSZ-ONR, wymieniane przez "Wąsowskiego" w przytoczonych wyżej notatkach, trzeba traktować z dużą ostrożnością. Liczba 20-30 tys. ludzi wydaje się być mocno zawyżona, tym bardziej, że sam Kasznica traktuje te dane jako "raczej potencjalne", niż zgodne z rzeczywistością. W znacznie późniejszych publikacjach, o charakterze bardziej propagandowym niż historycznym, siły te były jeszcze bardziej wyolbrzymiane.
Ich prawdziwość weryfikuje na przykład raport Komendanta Głównego AK (gen. Okulickiego) z 26 października 1944 r., w których informował on Prezydenta RP Władysława Raczkiewicza iż:

... większość Okręgów NSZ podporządkowała się Komendantowi wyznaczonemu przez "Bora".

Fragment ten można za całą pewnością traktować jako kolejny głos podważający wiarygodność danych, podawanych przez stronę ONR-owską.

Okręg I Warszawa-Miasto.

(Istniał do wybuchu Powstania Warszawskiego).

Komendant:

mjr Mieczysław Osmólski "Kozłowski".: kwiecień/maj - 1 sierpnia 1944 r.

Szef Sztabu:

mjr Edward Jaworowicz "Bicz Edward".: ?? - 16 wrzesień 1944 r. (zginął w Powstaniu Warszawskim).

Wydział I.

Szef:
por. Franciszek Tymowski "Mroziński Paweł".

Wydział II.

Szefowie:
mjr Mieczysław Osmólski "Kozłowski" (?).: 1944 r.
kpt. N.N. "Ostaszewski".

Wydział III.

Szef:
p.o. kpt. Ryszard Godlewski "Ożóg".

Wydział IV.

Szef:
kpt. N.N. "Żarski Jan".

Wydział V.

Szef:
kpt. N.N. "Jankowski Piotr".

Wydział VI.
Szef:
ppor. N.N. "Romański".

Komendy Powiatowe:

Dzielnica Południowa.

Komendant:
mjr N.N. "Trajan".

Dzielnica Północna.

Komendant:
mjr Stanisław Szymański "Szeptycki".

Dzielnica Praga.

Komendant:
kpt. Ryszard Godlewski "Ożóg Ryszard".

Powiat Wschodni (Rembertów).

Komendant:
- N.N. "Leszczyc Janusz".

Powiat Zachodni (Pruszków).

Komendant:
ppor. Wiktor Roman Skiba "Jacek Wolański".